麻醉后的大鼠固定于腦立體定位儀，具體操作為大鼠上門齒卡入橫桿，調節旋鈕壓緊鼻桿；將耳桿插入大鼠耳道，平衡調節左、右耳桿，使大鼠兩耳間連線與耳桿在同一直線上，保證左、右耳桿的刻度位置相同后調節旋鈕鎖緊耳桿。大鼠固定完好的判斷標準：鼻對正中，頭部不動，提尾不掉，目測大腦放置水平（使顱骨水平）。
眼科剪縱向剪開大鼠頭部皮膚約3cm，用鑷子沿顱骨表面剝離骨膜結締組織并剪除，用無菌棉球蘸去浸出的血液，將顱骨表面清理干凈，暴露前后囟。
調節腦定位儀上橫縱坐標旋鈕使牙科微孔鉆位于前囟點上方并輕觸該點，以Bregma點作為三維坐標系的參考點（零點）。
根據注射位置的不同，及大鼠重量的不同，注射坐標不同。此處以普通SD大鼠（350±50g）側腦室注射為例，通過查詢腦立體定位圖譜確定需要定位的核團位置，確定坐標值，即ML值（X軸）、AP值（Y軸）、DV值（Z軸）。側腦室位置為前囟點旁開1.5mm，向后囟方向1.1mm ，深4.5mm（坐標即為±1.5，-1.1，-4.5）。調節X軸（1.5個單位）及Y軸（1.1個單位）旋鈕移動操作臂到坐標位置，使用微孔牙科鉆緩慢打孔。鉆孔另一種操作法為確定鉆孔位置后在該點蘸墨打點標記，后手持牙科鉆進行鉆孔。顱骨鉆穿時有明顯落空感，此時應小心操作避免傷及硬腦膜。
固定微量注射器，調節Z軸旋鈕（4.5個單位）使微量注射器針頭插入側腦室。進行緩慢注射，注射速度2 ul/min，注射劑量視具體實驗而定，一般在5ul左右。
注射完成后留針靜置10min以便藥液充分吸收。緩慢調節Z軸旋鈕向上拔出針頭，鉆孔處涂抹骨蠟。
縫合皮膚，完成腦定位注射。
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